甘肃省人民检察院林区分院，是依据林业部、司法部、公安部、最高人民检察院《关于在重点林区建立健全林业公安、检察、法院组织机构的通知》（高检人字〔80〕69号）和甘肃省人民政府《关于在重点林区建立健全林业公安、检察、法院组织机构的通知》（甘政发〔1980〕131号）精神，经甘肃省第五届人大常委会第九次会议决定，于1981年10月设立，管辖国有企业甘肃省白龙江林业管理局辖区，其前身是白龙江林区分院。自2011年1月起，两级检察机关整体转换体制，从原所属林业企业中分离出来，统一纳入国家司法管理体系，实行人、财、物由省检察院垂直管理的新体制，2013年更名为甘肃省人民检察院林区分院，2014年5月林区分院整体搬迁至兰州办公。2018年经省委、省政府批准，最高人民检察院批复，林区检察机关的管辖扩展到全省的所有重点国有林区、各类自然生态保护区和专门保护区。将原属迭部林区检察院、白水江林区检察院整体分别搬迁至张掖市甘州区，天水市麦积区，设立祁连山林区人民检察院、小陇山林区人民检察院，原属舟曲林区人民检察院更名为白龙江林区人民检察院，把位于甘南州卓尼县的洮河林区人民检察院的管辖进行局部调整，并将庆阳市人民检察院所管辖的子午岭林区人民检察院划归林区分院管辖，实现了全省重点林区和各类自然保护区司法监督全覆盖。2019年经过内设机构改革，分院内设机构设置为“四部一室”，人员编制19名。（第一、二、三检察部、政治部、办公室）

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