洮河林区人民检察院是1981年10月经甘肃省人民政府批准设立(甘政发(1981)131号)。行政关系隶属白龙江林业管理局洮河林业局领导,业务工作由白龙江林区检察分院领导(现甘肃省人民检察院林区分院)。

2010年12月,根据国务院办公厅《关于解决森林公安及林业检法编制和经费问题的通知》(国办发【2005】42号)和中央编办《关于为森林公安和林业法检机构核定政法专项编制等事项的通知》(中央编办发【2007】19号)文件精神,将洮河林区人民检察院从原所属林业部门中分离出来,纳入国家司法管理体系,由甘肃省人民检察院垂直管理,为林区分院直属机构，政法专项编制，履行县级检察院职能。

2018年2月,根据最高人民检察院和省委、省政府批复的《甘肃林区法院、检察院司法改革方案》,洮河林区人民检察院管辖调整为白龙江林业管理局洮河生态建局、甘肃洮河国家级自然保护区管理局、甘肃太子山国家级自然保护区管理局、甘肃莲花山国家级自然保护区管理局、甘肃尕海则岔国家级自然保护区管理局四个辖区内发生的各类一审刑事案件及民事、行政、公益诉讼案件。对甘肃省公安厅森林公安局洮河分局、太子山分局、莲花山分局、尕海则岔分局的执法活动进行法律监督。辖区总面积82.33万公顷。

2019年4月根据甘肃省编办《关于市级人民检察院和基层人民检察院内设机构设置的批复》要求,现洮河林区人民检察院内设为政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部、办公室5个部门,现有政法专项编制17人,实有人员16人,其中入额检察官6人,检察官助理3人,书记员2人,法警2人,司法行政人员3人。另有聘任制书记员6人。