子午岭林区检察院设立于1981年10月，原名甘肃省子午岭林区人民检察院，为省检察院派出机构，事业编制，履行县级检察院职能，管辖子午岭林区各类刑事案件以及庆阳地区八县（市）所有涉林案件。行政关系隶属于庆阳地区林业处领导，业务工作由庆阳检察分院领导。

2002年12月，庆阳撤地设市。 2004年11月经最高人民检察院批复，甘肃省子午岭林区人民检察院由省检察院派出机构变更为庆阳市人民检察院派出机构，同时更名为庆阳市子午岭林区人民检察院。

2011年5月30日，市编办下发了《关于调整庆阳林区基层法院、庆阳市子午岭林区人民检察院管理体制的通知》，将子午岭林区检察院调整为庆阳市人民检察院的直属机构，由市检察院直接管理。核定政法专项编制20名。2012年，市编办增加政法专项编制2名，工勤编制1名。2012年7月19日，市委办召集相关部门会议，林区检察院正式移交市检察院管理。

2017年8月23日，省委办公厅、省政府办公厅下发《关于印发《〈甘肃林区法院检察院司法改革方案〉的通知》，确定子午岭林区院整体移交甘肃省人民检察院林区分院，2018年11月9日正式更名为子午岭林区人民检察院，为林区分院直属机构。

全院现内设政治部、办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部5个部门。现有编制23名（政法专项编制22名，工勤编制1名），实有人员19人，其中：入额检察官7人，检察官助理3人，法警3人，司法行政人员2人，书记员3人，工勤1人。另有聘任制书记员7人。